Moquegua ocupa el segundo lugar entre las regiones del Perú en el pilar de salud, según el Índice de Competitividad Regional (Incore) 2020. Por su infraestructura, comparada con otras regiones, se podría decir que está más preparada para asistir a la población: es la región del país con más hospitales por cada 100 mil habitantes con un indicador de 3.4.
Son seis los hospitales que posee, en las principales ciudades, aunque la mayor capacidad de atención se concentra en un lugar, el Hospital II de Moquegua. La alta concentración de la población moqueguana en pocas ciudades es, sin embargo, una ventaja comparativa.
En la última década algunos de los indicadores de salud en la región han mejorado. Por ejemplo, la desnutrición crónica infantil en menores de 5 años pasó de 9.7% en el 2014 a 2.5% en el 2019. Con esta reducción, pasó al segundo lugar de regiones con menor incidencia.
Sin embargo, en otros indicadores muestra información preocupante. Si se le compara con el promedio
nacional hay en Moquegua un mayor número de causas de muerte que derivan de malos hábitos
alimenticios. Principalmente por diabetes o enfermedades cerebro vasculares. Sumado a esto, la
región solo cuenta con 61 médicos especialistas.